Положение остальных 344 «маленьких церквей» будет в дальнейшем рассматривается парламентом по их конкретному заявлению. К непризнанным общинам относятся: методистская церковь, адвентисты седьмого дня, пятидесятники и армия спасения. Адвентисты, а так же некоторые венгерские писатели и активисты движения за права человека резко протестуют против вступления в силу этого закона. В открытом письме Евросоюзу и Совету Европы, подписанному бывшими членами либеральной оппозиции против коммунистической диктатуры, указывается, что этот закон нарушает свободу вероисповедания.
Доктор Кальман Месарош (Будапешт), президент венгерского союза баптистов, в своём интервью европейской баптистской пресс-службе (ЕБПС) напротив приветствовал принятие нового закона. Государство обращается с баптистами как с народной церковью. Это правильно, поскольку баптисты уже с 1895 года признаны в стране. Предшественники баптистов, движение крещения, было даже с 1523 представлено в Венгрии. Однако он сожалеет, что этот закон недостаточно учитывает интересы меньших религиозных сообществ. От имени баптистов, он выразил готовность оказать другим церквям помощь в их официальном признании. Являющийся доцентом университета и заведующим кафедрой истории церкви при баптистской теологический семинарии Месарош сообщил, что уже восемь церквей подали соответствующие заявления. Венгрия насчитывает около 12 тысяч баптистов в 368 церквях.
Президент церкви адвентистов в Венгрии Тамаш Оксай (Будапешт) высказал своё негодование по поводу нового закона. Правительственные чиновники в преддверии обсуждения закона обещали адвентистам полное признание, сообщил он в своём заявлении прессе. 110 адвестистских общин в Венгрии насчитывают более 4600 членов.
Методистская церковь, насчитывающая 2000 членов в 34 церквях, выразила своё разочарование этим решением. Методисты будут продолжать бороться за официальное признание, опираясь на поддержку уже признанных церквей, таково решение Центральной конференции стран центральной и южной Европы, проходившей в Цюрихе/Швейцария. На запрос ЕБПС представитель Центральной конференции Урс Швайцер ответил, что методистская церковь в Венгрии надеется, благодаря её более чем 100-летней истории, быть так же причисленной к «историческим церквям» страны. Это единственная церковь, являющаяся членом экуменического совета Венгрии и Конференции Европейских Церквей, которая не была официально признана в Венгрии.
Признаны были 14 считающиеся «историческими» церкви. В том числе три еврейские конгрегации. Сообщества, которые сверх того хотят быть официально признаны как церковь, должны, как минимум 20 лет действовать в Венгрии и не нарушать Конституции страны.
Новый закон касается так же преподавания религии в школах. Религиозное образование и его финансирование в государственных школах гарантируется государством. Церкви же должны предоставлять преподавателей для ведения занятий. Перед принятием закона в результате опроса было установлено, что более 300 зарегистрированных церквей и религиозных сообществ не действуют. После политической перестройки 1989 года в Венгрии была по сравнению с другими европейскими странами очень либеральная практика, религиозные сообщества получали признание на уровне местного руководства.